指示下达不久，治淮会议在8月底召开，决定了“蓄泄兼筹”的治理方针。但上、中、下游和左右岸的河南、安徽、江苏省委存在着意见分歧。
为了加快治淮步伐，毛泽东再次批语周恩来，督促治淮工程早日开工：
周恩来：
现已9月底，治淮开工期不宜久延，请督促早日勘测，早日做好计划，早日开工。
毛泽东
9月21日
经过毛泽东的批示和周恩来的协调，河南、安徽、江苏三省党委很快达成一致意见，在当月就制订出动员勘探计划，10月就开始动工。并决心以3年为期，根除淮河水患。
毛泽东欣然为治淮工程题字：
一定要把淮河修好！
为了兴修水利、根治淮河，逃难在外的灾民纷纷返回家园，自动请缨打石做治水器材，修造船只，准备运工料、粮草。当时的情景是：
父子齐上阵，兄弟争报名，妇女不示弱，夫妻共出征。
220万农民参加到治淮行列，90万工人日夜奔走在数千里淮河的运输线上。中央从东北、华北、中南各省调运了20多亿斤的建设物资和大量的工程技术人员。
经过80多天奋战，一条长160公里的苏北灌溉总渠建成了。
周恩来部署治淮工作
淮河是周恩来部署治理的第一条河流。
根据毛泽东的批示精神，周恩来日理万机，在抓救灾的同时，加紧了对根治淮河的具体部署。
他提醒秘书们：“只要有淮河水情的报告，随到随送，不准耽搁。”
1950年７月22日，他邀集有关人员认真讨论治淮问题。
８月25日至９月12日，在周恩来亲自指导与参加下，水利部召开治淮会议。
华东水利部、中南水利部、皖北行署、苏北行署、河南省人民政府、淮河水利工程总局、河南黄泛区复兴局负责人及专家40余人参加了会议。
据当时担任周恩来经济秘书的吴群敢回忆，治淮会议上有两种不同的意见：安徽有内涝，要求把水排到下游苏北去；苏北怕承担不了，不同意。双方争执不下。
另外，苏联专家根据本国的经验，认为水是很宝贵的资源，不能白白放掉，放掉就是浪费，应该把水蓄起来，建立蓄水池。
安徽认为自己是内涝，排都排不出去，怎么个蓄水？这就是当时存在的十分棘手的蓄泄之争。
为解决蓄泄之争，周恩来反复召集各单位负责干部讨论、协商、开大会解决问题达6次之多，会下还与同志个别谈话，征求意见。
周总理说：
我们人民政府，不能再让淮河压迫我们的同胞了！国家困难再大，也要下决心把淮河治好！
淮河要蓄泄兼筹，三省共保，党中央、毛主席已经决定成立治淮委员会，由曾山同志负责。
周恩来在综合各方面意见的基础上，兼顾上中下游的利益，运用唯物辩证法和现代科学技术的观点，提出了治理淮河的5项原则……
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